Lilleoru Põhikooli juhivad kooli direktor ja nõukogu. Kooli pidaja on Tuleviku Hariduse SA.
Kooli tegevust ja arengut toetavad ka koolipere erinevaid osapooli kaasavad töögrupid.
Merle Ruzitš
Lilleoru Põhikooli direktor. Kontakt: Merle.Ruzits@tervikharidus.ee
Jan Tomingas
Kooli pidaja juhatuse liige. Kontakt: Jan.Tomingas@tervikharidus.ee
Ave Oit
Kooli pidaja nõukogu liige. Kontakt: Ave.Oit@tervikharidus.ee